En efecto, dentro del establishment, Mueller fue a principios de siglo, con George W. Bush a la cabeza de Estados Unidos, nombrado director del FBI (Federal Bureau of Investigation, por sus siglas en inglés, u Oficinal Federal de Investigación). Ello ocurrió muy pocos días antes de los atentados contra las Torres Gemelas del 11 de septiembre de 2001. Mueller empezó no prestándole atención a los indicios de "negligencia criminal" sobre los atentados: un agente del FBI había arrestado semanas antes del ataque a Zacarías Moussaoui y alertado de que algo se preparaba, pero los superiores de aquél no hicieron ningún caso. Luego, Robert Mueller siempre supo que las acusaciones de Richard Cheney (quien fuera vicepresidente de Estados Unidos) contra Iraq por estar supuestamente involucrado en los atentados eran falsas, pero no dijo nada. Asimismo, en el área de la ciudad de Nueva York fueron arrestados cerca de mil inmigrantes por ser supuestamente sospechosos de tener que ver con el ataque: parecía un "gran progreso" del FBI, pero ninguno de los detenidos resultó vinculado al terrorismo. Mueller logró arrestar a un inocente (Steven Hatfill) por el asunto de los ataques con anthrax en 2001, y el FBI tuvo que pagar como compensación 5 millones de dólares. Con Mueller, el FBI envió miles de "cartas de seguridad nacional" para fichar a ciudadanos estadounidenses e infiltró por lo demás a movimientos antibélicos en la superpotencia. En el año 2004, Mueller se vió involucrado en la implementación de algo parecido a la Ley Marcial en Estados Unidos. A pesar de que el FBI estaba en contra, Mueller aprobó la tortura como práctica de los agentes de la Central de Inteligencia Americana (CIA). Como lo recuerda Coleen Rowley, ex miembro del FBI, en Consortium News, Mueller no dijo nada contra la tortura, ni contra la vigilancia inconstitucional, ni sobre la verdad de lo ocurrido el 9/11.
En suma, Mueller no es un santo, Más bien tiene el perfil de un hombre del "Estado profundo" o en todo caso del sistema. Antes de ser director del FBI, como abogado en Boston resulta que Mueller se vió involucrado en actos de corrupción. No es alguien íntegro quien intentó indiciar al actual presidente estadounidense Donald Trump (video, abajo, da click en el botón de reproducción para verlo). Y tampoco queda claro qué hace tanto izquierdista del lado del establishment estadounidense.